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真菌转录因子数据库Fungal TFDB

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真菌转录因子数据库Fungal TFDB

发布日期:2020-04-30 作者:爱基百客 点击:

转录因子(Transcription factors,TFs)在响应机体的信号进而控制基因表达过程中起着关键的作用。对TFs的系统性鉴定,分类和注释,以及TF数据库的构建,为研究转录因子的功能和进化提供了高效且有用的资源。


真菌转录因子数据库FungalTFDB1.2(http://ftfd.snu.ac.kr/index.php?a=view)对249个真菌(包含6个卵菌)基因组的转录因子(Transcription Factor)和228个非真菌系的转录因子进行了归纳整理。基于转录因子家族分类,共获得61个家族,包含118563个真菌转录因子序列。

1.数据库主页布局介绍


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1)         点击FTFD标题框即可跳转到主页面

2)         点击About FTFD查看数据库介绍信息。

3)         点击 Browse TF Families跳转到转录因子家族分类页面。展示每个家族包含的物种数和转录因子数。

4)          点击Browse Species 跳转到不同物种的转录因子分类页面。包含转录因子数和所占比率。

5)         点击Browse Clusters 可查看不同转录因子的聚类关系。划分为7类。

6)         点击Search子模块跳转到搜索页面。输入基因ID信息或者序列查询相关注释信息。

7)         点击TF Family Map可查看转录因子家族图谱。

8)         点击TF-Matrix跳转到至TF-Matrix说明界面,然后点击Apply。可查看TF Matrix

9)         点击Blast跳转到比对搜索页面。输入fasta格式的核苷酸或蛋白序列文件,指定物种进行比对。

10)      点击Download跳转数据下载页面,可以下载各个物种分类的TF相关蛋白序列文件。

11)      各个主页说明。

12)      发表文章引用信息。

2.查询转录因子案例

2.1. 已知序列

点击BLAST Search跳转到转录因子预测页面,在文本框中输入fasta格式(fasta 格式:大于号>后紧跟序列名,换行后是序列)序列信息(蛋白序列或gene序列)或直接点击Choose File导入序列文件,如果是蛋白序列,则按默认blastp程序即可,同时可调整过滤阈值,再点击Submit按钮即可点击Submit按钮即可获得比对结果。


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如果只有核苷酸序列文件,同样可以比对预测。点击Blast进入比对页面,在program选项中选择Blastx模式,输入fasta格式的核苷酸序列文件,点击Submit按钮即可获得比对结果。

比对结果会列出预测序列同转录因子的匹配信息,并按E值从小到大依次列出。

 

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2.2.已知转录因子名、基因名、蛋白名

已知某个转录因子名字,以FH_Sn005为例。在主页的菜单栏搜索框,点击TF Search跳转到搜索界面。切换到TF Name,输入FH_Sn005关键词后点击搜索按钮,即可得到FH_Sn005相关的页面结果信息,结果页面展示了FH_Sn005相关的转录因子名、类型、转录因子家族信息。

4.png

 

点击转录因子名可查看详细信息。包括转录因子序列,保守motif结构域序列,InterPro 注释结果等。

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6.png

该数据库还提供模糊搜索,输入相关关键词即可搜索。

 

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用linux服务器进行批量分析

2.3.转录因子鉴定

在FungalTFDB线上数据框下载所有真菌转录因子蛋白序列文件,基于blast软件进行比对分析,得到同源序列比对结果,则预测推断这些序列具有同样的TF功能。比对命令如下:

blastp –query query.pep.fa -db /path/Fungal_TF -out blast_out.xls -outfmt 6 -num_threads 10 -evalue 1e-10

比对完成后可得到如下文件,第二列为预测的TF结果。

8.png

还可以对转录因子家族进行统计并简单作图如下:

9.png

在得到目标的转录因子之后,可以根据转录因子motif网站 http://jaspar.genereg.net/  提供的motif序列,利用homer[2]软件对目标序列(peak或者Promoter区域的序列)进行motif分析,得到目标区域的已知转录因子motif。然后根据peak或promoter关联的基因及其注释筛选出motif结合基因,对这些基因用clusterprofiler 软件做GO富集分析,最后利用Cytoscape做成网络互作图。示例结果如下:


10.png


IP类产品:ChIP-seq,DAP-seq,CLIP-seqRIP-seq,DRIP-seq,6mA-IPseq,MeRIP-seq,IP,Co-IP

测序产品:WGBSATAC-seq,WGS,RAD/GBS,smallRNA,LncRNA,转录组,精准转录组,全转录组,降解组

分子产品:EMSA,Y1H,Y2H,分子标记,荧光定量,载体构建

新星产品:ScWGBS,ScATAC,ScRNA-seq,CUT&RUN,CUT&Tag

其他产品:代谢组,修饰酶组






本文网址:/news/518.html

关键词:转录因子,ChIP,数据库

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