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动物转录因子数据库Animal TFDB动物转录因子数据库Animal TFDB

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动物转录因子数据库Animal TFDB动物转录因子数据库Animal TFDB

发布日期:2020-05-09 作者:爱基百客 点击:

       转录因子(Transcription factors,TFs)在调控基因表达中起着关键的作用。随着被鉴定TFs越来越多,系统性识别和注释以及汇总,再进一步的构建TFs相关数据库,成为研究转录因子的功能和进化的有力资源。动物转录因子数据库AnimalTFDB3.0(对97个动物基因组的转录因子(Transcription Factor)和转录辅助因子(Transcription cofactor)进行了归纳整理。基于DNA结合结构域,将动物转录因子分成了73个基因家族,将转录辅助因子分成了83个基因家族。此外,动物转录因子分为六大类(Basic Domain Group、Zinc-Coordinating Group、Beta-Scaffold Factors、Helix-turn-helix、Other Alpha-Helix Group和Unclassified Structure),动物转录辅助因子也分为六大类(Co-activator/repressors、Chromatin Remodeling Factors、General Cofactors、Histone-modifying Enzymes、Cell Cycle和Other Cofactors)。我们看到的AnimalTFDB 3.0版本的数据库是华中科技大学郭安源教授团队建立并维护的。

       快速了解使用点击视频观看

       1.    数据库主页布局介绍

转录因子

       1)         点击Home即可跳转到主页面

       2)         点击Family跳转到TF分类家族页面。展示TF家族分类信息。

       3)         点击Species跳转到根据物种分类页面。展示根据不同物种归类的TF信息。

       4)         点击Search跳转到搜索页面。输入基因ID信息查询相关注释信息。

       5)         点击Predict TF跳转到TF预测页面。输入fasta格式的蛋白序列文件,基本比对方法预测TF。

       6)         点击Predict TFBS跳转到TF结合位点预测页面。输入fasta格式的核苷酸序列文件,基本比对方法预测TFBS。

       7)         点击Blast跳转到比对搜索页面。输入fasta格式的核苷酸或蛋白序列文件,指定物种进行比对。

       8)         点击Download跳转数据下载页面,可以下载各个物种分类的TF相关蛋白序列文件。

       9)         各个主页说明。

       10)     发表文章引用信息。

       2.    查询转录因子案例

       2.1.   已知序列

       点击Predict TF跳转到转录因子预测页面,在文本框中输入fasta格式(fasta 格式:大于号>后紧跟序列名,换行后是序列)的蛋白序列信息(只支持蛋白序列文件),再点击Submit按钮即可将任务提交给后台运行,如果序列数据不多很快就可以反馈结果,点击show按钮查看详细的比对信息。

转录因子

       如果只有核苷酸序列文件,同样可以比对预测。点击Blast进入比对页面,在program选项中选择Blastx模式,输入fasta格式的核苷酸序列文件,选择物种信息后点击Submit按钮即可将任务提交给后台运行。随后返回比对结果。

转录因子


       2.2.   已知转录因子名字

       已知某个转录因子名字,以AP-2为例。在主页的右上角有一个搜索框,输入AP-2关键词后点击搜索按钮,即可得到AP-2相关的页面结果信息,结果页面展示了AP-2相关基因的ID、物种和注释信息。可以通过物种筛选按钮,根据物种类别进行筛选。

还有另外一个方法,点击进入Family主页面,页面展示的是不同分类的家族TF信息。找到AP-2家族后点击进入家族页面,页面展示了不同物种的AP-2转录因子信息,点击某个物种即可查询该物种TF信息。

转录因子

转录因子

转录因子

       我们以人的转录因子AP-2α为例来介绍一下数据库的小细节,让我们有更加深入的了解。

       通过点击首页 TF species(页面一度萌化我的心),常用物种会在最上端Favorite中。点击human找到AP-2。

转录因子

       进入Homo sapiens Family: AP-2,其中有5个成员

转录因子

       1)         转录因子 ID

       2)         点击Entrez ID 会直接链接至NCBI数据库相应gene信息

       3)         转录因子简短介绍

       4)         氨基酸序列

       5)         转录因子AP-2的DNA 结合区域Weblogo展示

       点击Ensemble ID进入AP-2α详细界面,板块都在左侧列出:

转录因子

       1)         Gene Card,详细给出转录因子名称,染色体位置,简短介绍,转录本信息,蛋白信息等;

       2)         Gene model,目前预测出的基因类型;

       3)         Domain,蛋白功能结构域,链接Pfam ID;

       4)         Gene Ontology(GO)描述分子功能;

       5)         GWAS,转录因子相关连锁分析表型,包含SNP,碱基突变的位点类型,以及突变引起的疾病类型;

       6)         Phenotype,不同表型

       7)         TFBs,转录因子结合基序,转录因子ChIP-seq实验得到的motif

       8)         PPI,转录因子蛋白互作网络

       9)         Paralog,同源(基因):同一物种由于基因复制产生的同源。通常比较这些基因时,它们可能已经彼此具有了新的(不同)功能,也可能已经成为假基因了。

       10)     Ortholog,不同的物种间的,在物种形成过程中源自某一共同祖先的基因。从进化的角度来看,这类基因通常具有相同的功能。

       11)     Expression,转录因子在不同细胞类型中的表达统计

       3.    转录因子结合位点预测

       已知一段DNA序列查询其潜在的TF binding site,点击Predict TFBS进入主页面,输入fasta格式的核苷酸序列,点击Submit按钮即可将任务提交给后台运行,结果反馈预测的TF binding site信息。还可以根据TF家族分类进行筛选。

转录因子

       4.    用linux服务器进行批量分析

       4.1.   转录因子鉴定

       在AnimalTFDB线上数据框下载所有动物转录因子蛋白序列文件,基于blast软件进行比对分析,得到同源序列比对结果,则预测推断这些序列具有同样的TF功能。比对命令如下:

blastp –query query.pep.fa -db /path/animal_TF -out blast_out.xls -outfmt 6 -num_threads 10 -evalue 1e-10

       比对完成后可得到如下文件,第二列为预测的TF结果。

转录因子


 

 

       还可以对转录因子家族进行统计并简单作图如下:

转录因子


 

 

       在得到目标的转录因子之后,可以根据转录因子motif网站 http://jaspar.genereg.net/  提供的motif序列,利用homer[2]软件对目标序列(peak或者Promoter区域的序列)进行motif分析,得到目标区域的已知转录因子motif。然后根据peak或promoter关联的基因及其注释筛选出motif结合基因,对这些基因用clusterprofiler 软件做GO富集分析,最后利用Cytoscape做成网络互作图。示例结果如下:

转录因子


       IP类产品:ChIP-seq,DAP-seq,CLIP-seqRIP-seq,DRIP-seq,6mA-IPseq,MeRIP-seq,IP,Co-IP

       测序产品:WGBSATAC-seq,WGS,RAD/GBS,smallRNA,LncRNA,转录组,精准转录组,全转录组,降解组

       分子产品:EMSA,Y1H,Y2H,分子标记,荧光定量,载体构建

       新星产品:ScWGBS,ScATAC,ScRNA-seq,CUT&RUN,CUT&Tag

       其他产品:代谢组,修饰酶组


本文网址:/news/520.html

关键词:转录因子,ChIP,数据库

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